Năm vương quốc đang sinh sống chan hòa với nhau bất ngờ bị tấn công bởi thế lực Đế chế Ngầm Bugnarak, kẻ trở lại sau khi bị đánh bại từ 2000 năm trước đây.
Phi-Brain ~ Puzzle of God: The Orpheus Order, Phi Brain: Kami no Puzzle Dai 2 Series, Phi Φ Brain: Kami no Puzzle Second Season, Phi Brain: Kami no Puzzle 2nd Season